حصل الدكتور حاتم زهير المرزوقي على بكالوريوس الطب والجراحة من جامعة الملك عبد العزيز، جدة، المملكة العربية السعودية في عام 2007، تلاه حصوله على شهادة البكالوريوس في الطب والجراحة من جامعة ماكجيل، مونتريال، كندا في عام 2016. وحصل الدكتور حاتم زهير المرزوقي أيضًا على الزمالة في علاج الأورام للعلوم الصحية الشمالية من نفس الجامعة، مونتريال، كندا في عام 2017.